正在这时候，兵科给事中郝絅上疏攻劾吏部文选郎中吴昌时，而且矛头直指首辅周延儒，说吴昌时“窃权附势，纳贿行私，为周延儒干子。内阁票拟事关机密，而昌时事事先知”，说周延儒“多欲则不刚直，有用而无体，智足以掩过而忠不足以谋国”，是“天下之罪人”。
紧接着，一批御史、给事中纷纷论劾吴昌时和周延儒，御史蒋拱宸还揭发吴昌时勾结内监，直接在皇帝身边做手脚。
而吴昌时是复社的第一号政治活动家，极善于钻营，当初周延儒再次出山全是靠他一手操办，在京中宫里宫外关系又极多，自然是周延儒的头号心腹。但他在周延儒再次出任首辅一年多之后，仍然只是一个没有实权的礼部仪制司主事，心中颇为不平。直到崇祯十六年三月，在周延儒和东林党一派的吏部尚书郑三俊的联合支持下，吴昌时才调任吏部文选主事，代理郎中事，掌握了文官铨选的大权。
一朝权在手，吴昌时不由得意忘形起来，在京都的官场上频繁活动，徇私受贿，一面为朋友同党安排好职位，一面对结过夙仇的人痛下恨手。
在吴昌时代理文选郎中的当月，正值例行的科道外转，就是在给事中和御史中挑出几个人出京作地方官。科道出京照例是要升官的，但通常还是被认为是很吃亏的事，因为给事、御史不但在京中颇有势力，而且随时可能升为京卿，前程无量，而一入外官之流，远离朝廷，前途就十分暗淡了。
何况此时正是天下多事之秋，外转为地方官，天知道会落个什么下场。因此科道们全都不想被外转出去。按惯例，每次科道外转都是给事中一人，御史两人，但这一次吴昌时偏要杀一杀言官们的威风，一下子外转了四个给事中和六个御史。大多数言官为此相当愤慨，但当时吴昌时的后台太硬，只得隐忍。
可是随着周延儒的失宠和郑三俊去职，陈演等人又正在煽动一起摧毁周延儒在朝势力的风潮，言官们的积怨终于爆发出来。再加上吴昌时平日招摇太甚，得罪的人很多，才有了这次对他的集中攻讦。
明朝的官僚向来彼此撕咬不休，但许多人共同攻击一个郎中级的小臣的事件却极为少见。崇祯皇帝正在邪火上撞的时候，见到劾书上有同首辅勾结操纵朝政、与宦官暗通声气及泄露机密等重大内容，立即对这宗案件表现出病态的关注。
在这时候，崇祯皇帝还收拾不了躲在通州大营的首辅周延儒，那就先收拾周延儒的首号爪牙——吴昌时吧！
崇祯皇帝执政从来就有一个保守机密、慎之又慎的原则，最忌讳宫中与外间，内阁与部僚互通消息。平日里有关重大事宜的本章发往内阁，他都是亲自密封在黄绢小匣中，亲笔在封条上写好“某日某时送阁”；内阁票拟之后，原本章连同票签再放在原来的小匣里，由阁臣密封“某日某时某臣等谨封”，再由他亲自启封。
这一套繁琐的办法，就是怕内臣或是中书一类办事人员有意无意了解了机密，泄露出去。而这个胆大妄为的吴昌时竟然既勾通内阁又勾通太监，觊觎大密，暗操朝政，这还了得？
为了不让手眼通天的吴昌时得到消息，他没有把攻击吴昌时的劾疏发往内阁，因为怕内官见了也会走露风声，劾疏就一直装在自己的袖子里，趁着身边没人才亲自批旨：立即将吴昌时除名，听候审判。
崇祯皇帝在处理吴昌时案时表现出的极度小心谨慎，实在有点疑神疑鬼，小题大做。但他自己却真是很郑重其事的。他平时亲自批的御旨，字都是真草相间，唯独这一次批旨全用楷书，无形中也反映出他当时的心态。
皇帝如此郑重，这样如临大敌，吴昌时要想躲过这场灾难已经不可能了。四月，崇祯皇帝再次在中左门平台上升堂断案，亲自审讯吴昌时。
这次审讯一派杀气腾腾，内阁、五府、六部大臣以及京卿、科道官员全部被召入，崇祯皇帝身着素服角带，更是一副要杀人的气势，太子和定王也随侍在身旁。
在此之前，锦衣卫密探已经向皇帝报告了周延儒与吴昌时狼狈为奸、纳贿营私的种种劣迹，围在崇祯皇帝身边的大太监们也摸准了他的脉，用真真假假的“事实”向周延儒大泼脏水，因此他在心里早已拿定了主意，审讯不过是为了耍耍威风，出出恶气。
没想到，吴昌时却是个硬骨头，对于所有指控一一辩解。崇祯皇帝特别痛恨吴昌时罪款中的“通内”，因为宦官内臣是他自己的家奴，却被朝臣中的小人利用，实在是情理难容。但吴昌时却说：“祖宗之法，交结内侍者斩。此法最为森严，臣虽不才，哪里敢触犯？”
崇祯皇帝喊来揭发吴昌时通内的御史蒋拱宸，要他当面对质。谁知蒋拱宸已经被周围的气氛和吴昌时的强硬态度吓破了胆，伏在地上浑身哆嗦，一句话也说不出来。崇祯皇帝被气得几乎也要发抖，只能大骂吴昌时欺瞒狡辩。吴昌时仍是不屈不挠，说：“如果皇上一定要以通内之罪坐臣，臣怎敢违抗圣意？处罚自当由臣承受，但要违心屈招，臣实不能。”
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